Медицинская служба ФКУЗ МСЧ-5 ФСИН России включает в себя 9 филиалов:
2 филиала обслуживают сотрудников УИС РД: «ЦМСР»; «ВВК»:
- Центр медицинской и социальной реабилитации - начальник подполковник внутренней службы Ибрагимова Итта Муслимовна;
- Военно-врачебная комиссия – начальник подполковник Айгунов Гаджи Магомедович;
1 филиал «ЦГСЭН» осуществляет надзор за соблюдением требований санитарно-эпидемиологического законодательства в учреждениях УИС РД:
- Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора - главный государственный санитарный врач – начальник подполковник внутренней службы Сулейманов Руслан Ширханович;
7 филиалов обеспечивают медико-санитарное обеспечение спецконтнгента, содержащихся в учреждениях УИС Республики Дагестан:
- медицинская часть №1- начальник, старший лейтенант внутренней службы Гарачиев Ильяс Магомедович (при ФКУ ИК - 7 УФСИН России по Республике Дагестан);
- Здравпункт филиала «МЧ № 5» - начальник, капитан внутренней службы Халдаева Забият (при ФКУ КП-8, КП-9 УФСИН России по Республике Дагестан);
- медицинская часть № 3 – начальник, майор внутренней службы Шейхов Руслан Абакарович (при ФКУ СИЗО - 1 УФСИН России по Республике Дагестан);
- медицинская часть № 4 – начальник, лейтенант внутренней службы Гаджимурадов Гусейни при ФКУ СИЗО - 2 УФСИН России по Республике Дагестан);
- медицинская часть № 5 – начальник, старший лейтенант внутренней службы Мухидинов Магомед Магомедбегович (при ФКУ СИЗО - 3 УФСИН России по Республике Дагестан);
- больница – врио начальника Биламов Ислам Абакарович (при ФКУ ИК - 2 УФСИН России по Республике Дагестан);
- «Туберкулезная больница» - врио начальника Тутунов Абдулкадыр Мудунович (при ФКУ ЛИУ - 4 УФСИН России по Республике Дагестан).